Menant aux aventures des X-Men que nous connaissons déjà, "X-Men Origins: Wolverine" narre le passé romantique et violent de Wolverine, sa relation complexe avec Victor Creed ainsi que l'inquiétante mise en oeuvre du programme "Weapon X". Durant cette période, Wolverine fait la rencontre de nombreux mutants. Certains nous sont familiers, d'autres nouveaux dont quelques surprises issues de la légende des X-Men.